科技实力特别是原始创新能力已成为国际竞争的焦点之一，作为科技创新平台的国家级、省级重点实验室、工程（技术）研究中心肩负着重要的历史使命，已成为国家科技创新体系的重要组成部分。东南大学历来以“科技兴国”为己任，把建设一流的科学研究基础设施作为服务国家创新体系建设的重点。

国家重点实验室：
毫米波国家重点实验室	移动通信国家重点实验室
生物电子学国家重点实验室
国家工程（技术）研究中心：
火电机组振动国家工程研究中心	玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心
光传感通信综合网络国家地方联合工程研究中心	国家专用集成电路系统工程技术研究中心
国家预应力工程技术研究中心
国家专业实验室：
计算机辅助建筑设计（CAAD）国家专业实验室
教育部重点实验室：
计算机网络和信息集成教育部重点实验室	混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室
微电子机械系统教育部重点实验室	发育与疾病相关基因教育部重点实验室（部省共建）
儿童发展与学习科学教育部重点实验室	复杂工程系统测量与控制教育部重点实验室
城市与建筑遗产保护教育部重点实验室	环境医学工程教育部重点实验室
能源热转换及其过程测控教育部重点实验室	水声XXX教育部重点实验室
微惯性仪表XXX教育部重点实验室
教育部工程研究中心：
智能交通运输系统教育部工程研究中心	新型光源技术及装备教育部工程研究中心
射频集成电路与系统教育部工程研究中心	伺服控制技术教育部工程研究中心
低碳型建筑环境设备与系统教育部工程研究中心
其他部委实验室：
国土资源部土地实地调查监测技术重点实验室
江苏省级重点高端智库： 中国特色社会主义发展研究院 江苏省重点实验室：
江苏省网络与信息安全高技术研究重点实验室	江苏省生物材料与器件高技术研究重点实验室
江苏省土木工程材料高技术研究重点实验室	江苏省先进金属材料高技术研究重点实验室
江苏省微纳生物医疗器械设计与制造重点实验室	江苏省生物药物高技术研究重点实验室
江苏省智能电网技术与装备重点实验室	江苏省交通规划与管理重点实验室
江苏省计算机网络技术重点实验室	江苏省分子影象与功能影象重点实验室
江苏省远程测控技术重点实验室	江苏省传感网技术重点实验室
江苏省工程力学分析重点实验室	江苏省网络群体智能重点实验室
江苏省工程（技术）研究中心：
江苏省显示技术工程研究中心	江苏省数码技术工程研究中心
江苏省光通信器件与技术工程研究中心	江苏省伺服工程研究中心
江苏省射频与光电集成电路工程研究中心	江苏省光电功能材料工程实验室
江苏省信息显示工程技术研究中心	江苏省污染控制及资源化工程技术研究中心
江苏省现代混凝土耐久性评估与提升工程技术研究中心 新型科研机构： 丘成桐中心
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分析测试中心	医学影像与精确诊治技术研究中心
先进材料研究中心	电子系统可靠性研究所/光子学与光通信研究所
电光源研究中心	集团经济与产业组织研究中心
伽利略系统欧亚（中国）教育与应用开发中心	现代集成制造系统(CIMS)研究中心
先进光子学中心	旅游与景观研究所
东南大学太赫兹研究所