科技实力特别是原始创新能力已成为国际竞争的焦点之一，作为科技创新平台的国家级、省级重点实验室、工程（技术）研究中心肩负着重要的历史使命，已成为国家科技创新体系的重要组成部分。东南大学历来以“科技兴国”为己任，把建设一流的科学研究基础设施作为服务国家创新体系建设的重点。
| 国家重点实验室： | |
 毫米波国家重点实验室 | 移动通信国家重点实验室 |
| 生物电子学国家重点实验室 | |
| 国家工程（技术）研究中心： | |
| 火电机组振动国家工程研究中心 | 玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心 |
| 光传感通信综合网络国家地方联合工程研究中心 | 国家专用集成电路系统工程技术研究中心 |
| 国家预应力工程技术研究中心 | |
| 国家专业实验室： | |
| 计算机辅助建筑设计（CAAD）国家专业实验室 | |
| 教育部重点实验室： | |
| 计算机网络和信息集成教育部重点实验室 | 混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室 |
| 微电子机械系统教育部重点实验室 | 发育与疾病相关基因教育部重点实验室（部省共建） |
| 儿童发展与学习科学教育部重点实验室 | 复杂工程系统测量与控制教育部重点实验室 |
| 城市与建筑遗产保护教育部重点实验室 | 环境医学工程教育部重点实验室 |
| 能源热转换及其过程测控教育部重点实验室 | 水声XXX教育部重点实验室 |
| 微惯性仪表XXX教育部重点实验室 | |
| 教育部工程研究中心： | |
| 智能交通运输系统教育部工程研究中心 | 新型光源技术及装备教育部工程研究中心 |
| 射频集成电路与系统教育部工程研究中心 | 伺服控制技术教育部工程研究中心 |
| 低碳型建筑环境设备与系统教育部工程研究中心 | |
| 其他部委实验室： | |
| 国土资源部土地实地调查监测技术重点实验室 | |
江苏省级重点高端智库：
江苏省重点实验室： | |
| 江苏省网络与信息安全高技术研究重点实验室 | 江苏省生物材料与器件重点实验室 |
| 江苏省土木工程材料高技术研究重点实验室 | 江苏省先进金属材料高技术研究重点实验室 |
| 江苏省微纳生物医疗器械设计与制造重点实验室 | 江苏省生物药物高技术研究重点实验室 |
| 江苏省智能电网技术与装备重点实验室 | 江苏省交通规划与管理重点实验室 |
| 江苏省计算机网络技术重点实验室 | 江苏省分子影象与功能影象重点实验室 |
| 江苏省远程测控技术重点实验室 | 江苏省传感网技术重点实验室 |
| 江苏省工程力学分析重点实验室 | 江苏省网络群体智能重点实验室 |
| 江苏省工程（技术）研究中心： | |
| 江苏省显示技术工程研究中心 | 江苏省数码技术工程研究中心 |
| 江苏省光通信器件与技术工程研究中心 | 江苏省伺服工程研究中心 |
| 江苏省射频与光电集成电路工程研究中心 | 江苏省光电功能材料工程实验室 |
| 江苏省信息显示工程技术研究中心 | 江苏省污染控制及资源化工程技术研究中心 |
新型科研机构：
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| 分析测试中心 | 医学影像与精确诊治技术研究中心 |
| 先进材料研究中心 | 电子系统可靠性研究所/光子学与光通信研究所 |
| 电光源研究中心 | 集团经济与产业组织研究中心 |
| 伽利略系统欧亚（中国）教育与应用开发中心 | 现代集成制造系统(CIMS)研究中心 |
| 先进光子学中心 | 旅游与景观研究所 |
| 东南大学太赫兹研究所 | |
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